Ao reunir docentes, estudantes e farmacêuticos, o ENFARUNI proporciona um intercâmbio entre as Instituições de Ensino Superior que dispõem ou pretendem abrir uma Farmácia Universitária, possibilitando um debate sobre as diretrizes que devem nortear as ações das Farmácias Universitárias como um dos principais cenários de prática dos cursos de Farmácia de todo o país.
Este encontro possibilita o fortalecimento das Farmácias Universitárias como local obrigatório de ações de graduação, pesquisa e extensão, com foco nas práticas profissionais, além de discutir sua incorporação no Projeto Pedagógico do Curso, na perspectiva de formação do farmacêutico, capacitado técnica e eticamente, para atender às demandas da sociedade. Este local de debates fomenta a discussão sobre a implantação e cumprimento dos padrões mínimos das Farmácias Universitárias de todo o Brasil e o fortalecimento do trabalho do Fórum Nacional de Farmácias Universitárias
Além disso, o ENFARUNI promove o diálogo, a troca de experiências entre IES sobre as suas realidades e a busca de soluções de problemas comuns e complexos como o processo de abertura/legalização das Farmácias Universitárias e os diversos processos de gestão.
Por fim, o estímulo às discussões acerca das políticas públicas para as Universidades e Sistema de Saúde vigente na sociedade brasileira são temáticas que permeiam todos os ENFARUNIs.

​